- สำนักอำนวยการ
- สำนักการคลังและสินทรัพย์
- สำนักติดตามและประเมินผลการจัดการศึกษาขั้นพื้นฐาน
- สำนักทดสอบทางการศึกษา
- สำนักเทคโนโลยีเพื่อการเรียนการสอน
- สำนักนโยบายและแผนการศึกษาขั้นพื้นฐาน
- สำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ
- สำนักพัฒนานวัตกรรมการรจัดการศึกษา
- สำนักพัฒนาระบบบริหารงานบุคคลและนิติการ
- สำนักวิชาการและมาตรฐานมาตรฐานการศึกษา
- กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร
- สถาบันภาษาอังกฤษ
- กลุ่มตรวจสอบภายใน
- สำนักพัฒนากิจกรรมนักเรียน
- สำนักพัฒนาครูและบุคลากรการศึกษาขั้นพื้นฐาน
- สำนักพัฒนาการศึกษาเขตพัฒนาพิเศษเฉพาะกิจจังหวัดชายแดนภาคใต้
- หน่วยศึกษานิเทศก์
- สำนักบริหารงานการมัธยมศึกษาตอนปลาย
- ศูย์เฉพาะกิจคุ้มครองและช่วยเหลือนักเรียน
- สำนักบริหารงานความเป็นเลิศด้
านวิทยาศาสตร์ศึกษา - ศูนย์พัฒนาคุณภาพการศึกษาด้วยเทคโนโลยีการศึกษาทางไกล
- สำนักงานบริหารพื้นที่นวัตกรรมการศึกษา
- สถาบันภาษาจีน